В целях расширения торгово-экономического и гуманитарного сотрудничества Кыргызской Республики с регионами Казахстана, а также защиты и обеспечения интересов физических и юридических лиц Кыргызской Республики в рамках, предусмотренных международными соглашениями, 11 октября 2002 года Президентом Кыргызской Республики был принят Указ № 273 об открытии Генерального Консульства Кыргызской Республики в г. Алматы Республики Казахстан. В консульский округ Генерального Консульства вошли Алматинская, Джамбыльская и Южно-Казахстанская области Республики Казахстан. Генеральное консульство возглавляет Генеральный консул Кыргызской Республики.